依照本办法首次发放排污许可证时，对于在本办法实施前已经投产、运营的排污单位，存在以下情形之一，排污单位承诺改正并提出改正方案的，环境保护主管部门可以向其核发排污许可证，并在排污许可证中记载其存在的问题，规定其承诺改正内容和承诺改正期限： （一）在本办法实施前的新建、改建、扩建建设项目不符合本办法第二十九条第一项条件； （二）不符合本办法第二十九条第二项条件。 对于不符合本办法第二十九条第一项条件的排污单位，由核发环保部门依据《建设项目环境保护管理条例》第二十三条，责令限期改正，并处罚款。 对于不符合本办法第二十九条第二项条件的排污单位，由核发环保部门依据《中华人民共和国大气污染防治法》第九十九条或者《中华人民共和国水污染防治法》第八十三条，责令改正或者责令限制生产、停产整治，并处罚款。 本条第二款、第三款规定的核发环保部门责令改正内容或者限制生产、停产整治内容，应当与本条第一款规定的排污许可证规定的改正内容一致；本条第二款、第三款规定的核发环保部门责令改正期限或者限制生产、停产整治期限，应当与本条第一款规定的排污许可证规定的改正期限的起止时间一致。 本条第一款规定的排污许可证规定的改正期限为三至六个月、最长不超过一年。 在改正期间或者限制生产、停产整治期间，排污单位应当按证排污，执行自行监测、台账记录和执行报告制度，核发环保部门应当按照排污许可证的规定加强监督检查。

但是，建设单位在接受环保部门处罚后，主动补办环境影响报告书、报告表报请环保部门审批的，环保部门应当受理。对符合环境影响评价审批要求的，依法作出审批决定；对不符合环境影响评价审批要求的，不予批准，并依法责令恢复原状。崔书红还表示，环保部将在与相关方面沟通后印发文件予以规范。相关要求以正式印发的文件为准。